商船会馆是上海地区有文献记载的最早的行业组织,至今已有300多年。清康熙五十四年(1715年),上海商船运输业中,沙船业主们为了“敦乡谊、辑同帮”,集资成立商船会馆。会馆设于马家厂(今南市会馆街),建筑占地20亩,崇奉天后圣母。清乾隆二十九年(1764年),重修大殿戏台,添建南北两厅。嘉庆十九年(1814年),锡金船商铸造钟鼎,崇明的船商造两面看楼。道光二十四年(1844年),众船商建立拜厅、钟鼓楼、后厅、内台等楼所,颇为壮观。同治元年(1862年)后,外国军队及江南制造局的筹办处先后租居在内,殿厅均被毁坏。同治七年,众船商再次集资兴修。光绪十六年(1890年)因飓风大作,戏台头亭渗漏,又相继修葺,至光绪十八年才恢复原貌,王宗寿主持了此次大修后,立有“重修商船会馆碑记”。
会馆事务由众船商轮流管理,最初请石琢堂董事。其后由张兰亭、陆春晖、沈雒宜、吴沐庄、金侍香、同心宇、金梅岑、沈晓沦、江馨山、沈庆甫、郁正卿、朱佩韩、潘子栖先后担任董事,主持馆务。常年所用经费由船商抽缴庙捐,并以租息抵支。
光绪二十年,众船商护漕有功,朝廷颁“泽被东瀛”匾额嘉奖商船会馆。
商船会馆附设“承善堂”,专门处理水手伤亡事务。光绪二十三年又附设商船小学校。商船会馆还在黄浦江东西两岸各置沙泥荡地,供商船外出取泥土作为压舱的用途。
民国19年(1930年),依据《工商同业公会法》,商船会馆被改组为沙船号业同业公会。